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各プロジェクトは以下の4つのユニットに所属しています。

免疫創薬ユニット

 免疫関連疾患・炎症性疾患全般に共通して重要な役割を果たしている鍵分子を標的とした創薬研究など、新しいコンセプトに基づいたアプローチを行なうプロジェクトで構成されています。

再生ユニット

 iPS細胞を用いた再生治療法開発プロジェクトや、生体内幹細胞の活性化による再生を目指す創薬、多領域の再生医療実現化を加速する産業化基盤技術研究プロジェクトなどが参画し、再生医療の定着・普及までを目指した構成になっています。

免疫再生融合ユニット

 障害に対して生体の免疫系と再生系が相互作用し、生体の機能維持・回復を行なっていることを大阪大学はこれまでに発見しています。本ユニットは、そのような研究成果に着目し、免疫系と再生系の研究基盤を融合し、組織損傷の健全な回復を目指す研究プロジェクトを中心に構成されています。

新融合領域ユニット

 CoMITのプロジェクトは免疫系と再生系の研究を中心に構成されていますが、新規医療技術や治療法の開発には、さらに様々な分野の技術・研究成果の集結が必要です。新融合領域ユニットは、免疫系・再生系に限定されない、集学的・学際的なアプローチによる異分野融合型のプロジェクトで構成されています。